De Stichting heeft als doel bij te dragen aan het behoud, herstel en de duurzame toekomst van de natuur op en rond de Galapagos Eilanden. Vanuit deze doelstelling ondersteunt de Stichting projecten op het gebied van natuurbehoud, wetenschappelijk onderzoek, educatie en lokaal leiderschap, met als uitgangspunt dat duurzame bescherming van de eilanden alleen mogelijk is wanneer natuur, wetenschap en de lokale gemeenschap met elkaar verbonden blijven.

De Stichting werkt daarbij nauw samen met de Charles Darwin Foundation (CDF), die sinds 1959 actief is op de Galapagos Eilanden en een belangrijke rol vervult in wetenschappelijk onderzoek en natuurbeheer. Daarnaast ondersteunt de Stichting ook andere initiatieven en samenwerkingen die bijdragen aan het behoud van de unieke biodiversiteit en de toekomst van de eilanden en hun bewoners.